Após a conquista inédita, Marquinhos subiu de novo ao time principal, onde se firmou no meio campo rubro-negro. Além da Copinha, foi campeão da Copa do Brasil (1990), Campeonato Carioca (1991), Taça Guanabara (1989, 1995), Taça Rio (1991) e Campeonato Brasileiro (1992). Em 1995, foi para o Palmeiras. Fez boa temporada pelo time alviverde em 1997, mas depois não se firmou nos clubes por onde passou.